Preparare la besciamella unendo in un pentolino il burro con la farina; quando il tutto diventa solido, aggiungere il latte tiepido e mescolare con una frusta. Il composto non sarà liquido, ma sembrerà quasi un impasto. Trasferirlo in una ciotola e impastarlo con il parmigiano, i tuorli, un pizzico di sale e l'emmental grattugiato; in ultimo unire gli albumi montati a neve ferma e mescolare dal basso verso l'alto.
Suddividere il composto nei pirottini (avvolgerli nella carta forno in modo che i bordi siano più alti e i soufflè mentre crescono durante la cottura non debordino) e infornare i soufflè di formaggio a 160° per 20 minuti.