Lavate le vongole, mettetele in una pentola capiente, coprite e fatele aprire a fiamma vivace. Eliminate i gusci e tenete da parte i molluschi e il loro liquido (filtratelo per eliminare eventuale sabbiolina). In un capiente tegame mettete 4 o 5 cucchiai d'olio, fatevi appassire lo scalogno e unite le vongole, parte del loro liquido e il timo. Lasciate asciugare qualche minuto, poi spostate dal fuoco, intanto cuocete la pasta. Quando mancheranno circa due minuti alla cottura degli spaghetti, scolateli e uniteli alle vongole con i pomodorini tagliati a cubettini e le zucchine tagliate a julienne. Continuate la cottura qualche minuto, aggiungendo se necessario il liquido delle vongole rimasto o un po' di acqua di cottura della pasta (che avrete tenuto da parte precedentemente).