Fate stufare la cipolla in una padella con l'olio, poi unite le zucchine tagliate a rondelle e fatele cuocere per circa 10 minuti.
Unite metà dei fiori di zucca ai quali, avrete eliminato il pistillo, unite anche il sale pepe e il basilico, continuate la cottura per qualche minuto.
Lessate la pasta, scolatela e versatela nella padella con le zucchine, unitevi il burro e metà del parmigiano, mescolate bene.
Versate metà della pasta in una pirofila imburrata, coprite con la scamorza tagliata a fette , poi con parte della besciamella e versate anche la pasta restante.
Distribuitevi la restante besciamella, i fiori di zucca restanti aperti a libro e spolverizzate con il grana grattugiato restante.
Fate gratinare il timballo di pasta e zucchine in forno già caldo a 200° per circa 20'.